Pondok Pesantren Nurul Yaqien didirikan oleh KH. Abdullah Umar Al-Shodrie pada tahun 1969. Sejak awal berdirinya dan berkembangnya pondok pesantren ini semula di Masjid Jami’ Nurul Yaqien. Dan pada tahun 2005. Mulai membangun pondok pesantren di tempat yang tak jauh dari Masjid Jami’ Nurul Yaqien.

Pondok pesantren Nurul Yaqien adalah salah satu lembaga pendidikan Islam yang dalam khazanah ilmu dunia pesantren dikenal istilah salaf yang hingga saat ini mampu bertahan dan bahkan terus berkembnag dalam kiprahnya membangun negara Indonesia. Kemudian perkembangan selanjutnya pondok pesantren Nurul Yaqien tidak hanya mengkhususkan pendidikannya dalam bidang Al-Qur’an saja, melainkan ke bidang ilmu yang lain, khususnya kitab-kitab kuning yang kemudian disusul dengan penerapan sistem madrasah yang melahirkan lembaga-lembaga pendidikan.